Στο Underwater Cities, το οποίο διαρκεί περίπου 30-45 λεπτά ανά παίκτη, οι παίκτες αντιπροσωπεύουν τα μεγαλύτερα μυαλά στον κόσμο, μυαλά που έχουν οριστεί, λόγω του υπερπληθυσμού της Γης, για να δημιουργήσουν τις καλύτερες και πιο βιώσιμες υποβρύχιες πόλεις.
Η βασική αρχή του παιχνιδιού είναι η τοποθέτηση καρτών. Τρεις έγχρωμες κάρτες τοποθετούνται κατά μήκος της άκρης του βασικού ταμπλό, σε υποδοχές 3 x 5, οι οποίες είναι επίσης χρωματισμένες. Στην ιδανική περίπτωση, οι παίκτες μπορούν να τοποθετήσουν κάρτες στις εσοχές του ίδιου χρώματος. Στη συνέχεια, μπορούν να κάνουν ενέργειες και bonus ενέργειες: την ενέργεια που απεικονίζεται στην εσοχή στο βασικό ταμπλό και επίσης το bonus της κάρτας. Οι ενέργειες και τα bonus επιτρέπουν στους παίκτες να καταναλώνουν πρώτες ύλες: α) για την κατασκευή και αναβάθμιση θόλων πόλεων, σηράγγων και κτιρίων παραγωγής, όπως αγροκτήματα, συσκευές αφαλάτωσης και εργαστήρια στην προσωπική τους υποβρύχια πόλη, β) να μετακινήσουν το δείκτη τους στο κομμάτι πρωτοβουλίας (το οποίο είναι σημαντικό για τη σειρά των παικτών στον επόμενο γύρο), γ) για να ενεργοποιήσετε τα "A-cards" του παίκτη, και δ) για τη συλλογή καρτών, τόσο ειδικών όσο και βασικών, που επιτρέπουν καλύτερες δυνατότητες κινήσεων και αποφάσεων κατά τη διάρκεια του παιχνιδιού.
Όλες, οι σχεδόν 220 κάρτες - είτε ειδικές είτε βασικές - χωρίζονται σε πέντε τύπους ανάλογα με τον τρόπο και τον χρόνο χρήσης. Οι υποβρύχιες περιοχές σχεδιάζονται να είναι διπλής όψης, δίνοντας στους παίκτες πολλές ευκαιρίες να επιτύχουν πόντους και τελικά να κερδίσουν.